Студенты Академии - Студенты академии ниндзя, как Конохамару преподается основные навыки дзюцу. Как только они освоили необходимые навыки, они могут закончить и стать фактическим ниндзя. Однако, если новые Генин не произвести впечатление на своих Jounin сенсей, они могут быть отправлены обратно в Академию для дальнейшего обучения.

Генин — первый уровень ниндзя, присваиваемый после окончания Академии, при котором ещё видна разница в физическом развитии и навыках. Гэнины распределяются по группам, состоящих из четырёх синоби — один опытный дзёнин и три его ученика. Основываясь на индивидуальных качествах каждого юного ниндзя формирование в группы происходит по принципу уравновешивания сил разных команд. Однако прежде чем взять гэнина на обучение некоторые дзёнины устраивают дополнительное испытание, чтобы проверить готовы ли те стать настоящими ниндзя и работать в команде.
Гэнины начинают участвовать в миссиях D-ранга, которые большей частью основываются на ручном труде, к примеру сельскохозяйственные работы, и не представляют их жизни никакой опасности. Уже на этом этапе молодые ниндзя начинают вносить лепту в экономику родного селения, получая денежную плату за выполненное задание. Постепенно обучаясь, гэнинам в составе их команды могут быть доверены миссии C-ранга, в которых может потребоваться использование различных дзюцу.

Чунин -Чтобы получить звание чунина, гэнин вместе со своей командой должен принять участие в крупном экзамене, который проходит дважды в год при участии представителей сразу нескольких селений синоби. В прошлом каждая деревня проводила свой собственный экзамен, но, после Третьей мировой войны ниндзя союзнические страны решили проводить его лишь в одном избранном месте, таким образом укрепляя свои взаимоотношения. Этот экзамен служит также смотром сил подрастающего поколения, и ниндзя, показавший на нём неплохой результат, имеет большие шансы на продвижение по карьерной лестнице (к примеру по результатам экзамена его могут пригласить в охрану важного государственного чиновника).
Три этапа экзамена на звание тюнина устраивают настоящую проверку сразу целого ряда навыков гэнина. На каждом из этапов отсеивается очень много претендентов, так что он считается более чем сложным. До финала доходят единицы участвующих.
Этапы экзамена:
Письменный экзамен — проверка умения добывать информацию, оставаясь незамеченным, быть твёрдым и уверенным в себе и товарищах. В случае если ниндзя проваливает задание, то шансов на продолжение борьбы лишается и вся его команда.
Испытание на выживание — умение разрабатывать стратегию, действовать и сражаться в команде, всегда быть начеку. В том случае, если «слишком много» гэнинов выходит в финал, сразу же по окончании второго этапа прокторы (руководители испытаний) вправе объявить дополнительный этап, который представляет собой бой один на один. Выбывает тот, кто не сможет продолжать сражаться или же откажется от поединка.
Финальная стадия — распределённые по парам ниндзя проводят турнирный поединок по принципу плей-офф.
За финальной стадией, проходящей на большом стадионе, наблюдают судьи, присуждающие победу, заинтересованные в наборе опытных ниндзя лица, а также простые зрители. Однако главную роль при вынесении решения о присвоении звания тюнина играет не победа, а действия синоби во время поединков. Таким образом победитель турнира может не стать тюнином, в то время как вылетевший в первом раунде плей-офф получить это звание. Подобное произошло с Сикамару Нара, отлично проявившем себя в тактическом плане в бою с Тэмари, но решившем отдать победу ей.

Джанин  — высококвалифицированный ниндзя с высоким уровнем мастерства, чаще всего исполняющий функции военного капитана. В зависимости от их опыта и способностей, дзёнинов посылают на миссии рангов A и S как в составе группы, так и в одиночку. Большинство ниндзя этого уровня в состоянии использовать минимум два типа стихий. Иногда дзёнину вверяют команду из трёх гэнинов для более углубленного обучения последних.

Специальный джанин - Специальный Jounin являются ниндзя, которые приобрели высокого уровня навыков Jounin в одной области ниндзя искусства. Эти ниндзя, как Морино Ibiki, который является высококвалифицированным на допросы и пытки. Ninja достичь ранга специального Jounin через официальное назначение.

АНБУ — особый отряд наёмных ниндзя, находящийся под непосредственным контролем Кагэ. Члены АНБУ защищают лидера деревни, а также само селение от исключительных угроз и проводят различного рода миссии, связанные с большим риском, будь то выслеживание кого-либо или же убийство врага, в том числе за границей. Они прекрасно разбираются в анатомии человеческого тела, на основе чего используют различные мощные техники, например дзюцу, парализующее противника. В случае смертельного ранения члены АНБУ самоуничтожают своё тело, чтобы противник не узнал о них никакой информации.
Члены организации носят фарфоровые маски, изображающие животных, для того, чтобы выделяться среди других синоби и оставаться неузнанными. Они имеют стандартную экипировку, включающую чёрную униформу, серую броню, меч катана, носимый за спиной, защитные пластинки для рук и татуировку в виде спирали на левом плече. Кроме того лидер команды может носить плащ белого, в то время как его подчинённые чёрного цвета.

Корень АНБУ — секретное подразделение АНБУ Конохи, созданное Дандзо и подчинявшееся непосредственно ему, а не Хокагэ. Члены Корня (к слову сказать, в отличие от обычного АНБУ, использующие танто вместо катаны) выполняли миссии, которые, по мнению Дандзо, приносили Конохе наибольшую пользу, хотя с точки зрения Хокагэ могли не являться таковыми. Синоби этой организации, в отличие от большинства других групп ниндзя, не должны были показывать никаких чувств и быть безразличным к тому, что происходит вокруг. Считается, что Корень использовал методы, подобные выпускному экзамену Селения Скрытого Тумана, который включал в себя смертельные поединки между студентами-друзьями. Кроме того каждый член Корня имел своё собственное кодовое имя и даже не знал настоящего имени своего сотоварища.
С того момента как Дандзо начал вести военную политику, что противоречило идеям Третьего Хокагэ, Корень был расформирован. Несмотря на это ниндзя остались преданны своей организации и продолжали выполнять поручаемые им миссии. Не последнюю роль в такой покорности сыграл тот факт, что Дандзо наложил на каждого члена организации проклятую печать в виде отметины на их языке, благодаря чему ни один из них не может что-либо рассказать ни о Корне ни о его лидере. После смерти Дандзо члены Корня взяли курс на сближение отношений с действующим Хокагэ.

Санни́н — неофициальное титульное именование каждого ученика Третьего Хокагэ — Цунадэ, Оротимару и Дзирайя, обладающих выдающимися способностями ниндзя. Будучи молодыми, относительно безызвестными, и участвуя во Второй мировой войне синоби, они выжили в битве с лидером Скрытого Дождя Хандзо Саламандрой, после чего тот, поражённый способностями воинов, и назвал их Саннинами. После этого слава о них разошлась по всему миру.
Каждый из Саннинов имеет способности ниндзя на уровне Кагэ и в определённое время претендовал на получение этого звани.

Военная Полиция Листвы или просто Военная Полиция была основана Вторым Хокагэ, по словам Тоби, с целью контроля за составлявшими подавляющее большинство её сотрудников членами клана Утиха. Символ Военной Полиции — герб клана Утиха на фоне сюрикэна. Данная организация занималась соблюдением правопорядка в деревне, и имела практически неограниченные полномочия. Тем не менее, она не могла вмешиваться в области, которые находились под прямым контролем Хокагэ, к примеру, без надлежащего ордера арестовывать членов АНБУ. Достоверно неизвестно, что стало с Военной полицией после того, как Итати уничтожил почти всех Утих.

Кагэ в мире Шиноби называют главу одного из пяти сильнейших Скрытых Селений, ниндзя, признаваемого самым опытным и мудрым в своей деревне. Несмотря на это, со временем он может частично потерять свою былую мощь и быть превзойдён другими более молодыми синоби. Основными задачами Кагэ являются надзор за деятельностью своей Деревни и лидерство над обществом ниндзя.

Дзинтю́рики — человек, внутри которого запечатан бидзю. Первым дзинтюрики стал Рикудо Сэннин, запечатавший внутри себя Десятихвостого Зверя, однако перед смертью разделивший его на 9 бидзю с разным количеством хвостов. Вскоре эти Хвостатые распространились по миру и стали важной военной силой. Ведущие селения ниндзя исследовали их и накладывали на дзинтюрики печати для различной степени контроля и доступа к чакре зверя.
В разные моменты истории мира Наруто бидзю переходили от одного умершего естественной или насильственной смертью дзинтюрики к другому. Люди, носившие в себе монстра, могли быть как героями родного селения, так и изгоями своего народа.
Во II части манги становится известно, что Тоби, будучи лидером Акацуки, собирает Хвостатых Зверей для осуществления своего преступного плана по захвату планеты. Появившись на Совете пяти Кагэ он предлагает им выдать оставшихся к тому моменту двоих дзинтюрики, и после отказа объявляет о начале Четвёртой мировой войны ниндзя. Впоследствии все мёртвые к тому моменту дзинтюрики были призваны Кабуто Якуси с помощью запретной техники воскрешения для использования в войне.

Ниндзя-медик — синоби, специализирующийся на использовании медико-ориентированных дзюцу для лечения людей. Такая должность требует большого уровня знаний и превосходного контроля над чакрой, используемой при лечении различных повреждений. Кроме этого уделяется особое внимание изучению боевых навыков, главной причиной чему является факт особой важности ниндзя-медиков для всей команды. Впервые идею обязательного включения одного медика в команду высказала Цунадэ, после чего предложение было принято.
Для наиболее серьёзных повреждений ниндзя-медик выполняет Живительную технику реанимации, использующую части тела пострадавшего для регенерации клеток зоны повреждения. Медицинские дзюцу требует большого количества времени и концентрации, поэтому врачебный персонал, чтобы отдохнуть, периодически сменяется.

Нукэни́н — шиноби, покинувший свою собственную деревню, часто по причине совершения им определённых преступлений. Ниндзя этого класса часто фигурируют в Книге Бинго, списке врагов для их убийства, который имеет каждая деревня для пользования дзёнинами и членами АНБУ. Иногда очень сильных нукэнинов, таких как Итати Утиха и Кисамэ Хосигаки, называют ниндзя S-уровня.